为了解析宿主转录组特征与肠道微生物序列如何相互作用，从而揭示年龄相关的肠道屏障稳态下降，我们整合了人体结肠活检RNA测序数据。我们对来自238名20至70岁以上成年人的结肠活检样本进行了宿主-微生物宏转录组整合分析。通过DESeq2、GSEA、Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 和SAHMI等工具，分析了来自四个公共数据集的RNA测序文库，以评估差异表达、通路富集和微生物特征。结果发现，衰老与肠道屏障的进行性转录重塑相关。关键的上皮基因，如调控分化的GATA5、细胞外基质（ECM）周转中的MMP9和ADAMTS4，以及脂质代谢中的FABP6、LRP2和LPA，都表现出与年龄相关的失调。同时，趋化因子和细胞因子信号（如CXCL1、CCL19、IL17A、IL22）显著升高。通路分析揭示，IL-17和ECM-细胞因子信号通路富集，这与慢性炎症激活的特点一致。与此同时，微生物分析显示，肠道菌群从产生丁酸的共生菌（如丁酸梭菌、双歧杆菌、粪杆菌）向产粘液降解和促炎症的菌群（如Akkermansia muciniphila、Bacteroides fragilis、Bilophila wadsworthia）转变。这项研究支持一个关于免疫、结构和微生物重塑与衰老相关联的连续模型。研究结果强调，粘膜宿主-微生物的相互作用是未来维持上皮细胞韧性、促进健康老龄化的潜在治疗靶点。
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